2004-2008 - A Magath-éra és Hitzfeld visszatérése

 

A 2004-2005-ös szezonban a Bayern ismét bajnok lett a kemény edzővel, valamint a kupát is megnyerte a Schalke 04 ellenében, de a BL-ből a negyeddöntőben kiverte őket a Drogba vezette újgazdag Chelsea (2-4; 3-2). A következő szezonra elkészült az új stadion, a 69 000 fős Allianz Arena. Ez a szezon majdnem ugyanúgy sikerült, mint az előző: hazai porondon megint nem találtak legyőzőre, de a legjobb 16 között búcsúztak a BL-ből az AC Milan ellen. A 2006-os németországi VB-n Philipp Lahm és Bastian Schweinsteiger alapember volt Jürgen Klinsmann válogatottjában, amely végül a bronzérmet szerezte meg: az elődöntő 119. percében Fabio Grosso egy parádés gólt lőtt Jens Lehmannak, majd a kitámadó hazaiak kontrából is kaptak egyet, amit Del Piero lőtt be. A Portugália elleni bronzmeccsen Oliver Kahn is szerepet kapott, Schweinsteiger vezetésével 3-1-re nyertek a németek. A 2006-07-es szezon előtt nagy játékosmozgások kezdődtek a Bayernnél: visszavonult Bixente Lizarazu és Jens Jeremies, eligazolt Michael Ballack, Zé Roberto és Paolo Guerrero is. Azonban ez a szezon katasztrofálisan sikerült: a csapat gyenge szezon után csak a 4. lett, Felix Magathnak februárban távoznia kellett. Az edző ismét Ottmar Hitzfeld lett A 2007-2008-es szezon újabb mérföldkő a csapat életében, az előző évi gyengébb szereplés után Uli Hoeness úgy döntött, hogy eljött a bevásrlás ideje, így a Bayern kerete számos új játékossal bővült és régi játékossal gyengült. 2007 nyarán a bőrnadrágosokhoz szerződött többek között az olasz Luca Toni, a brazil Zé Roberto, a francia Franck Ribéry és a német gólzsák Miroslav Klose is. A bombaerős Bayern pedig fantasztikusan kezdte a szezont, elsősorban az új szerzeményeknek köszönhetően. A szezon végén újfent duplázásnak örülhettek Hitzfeld vezetésével, de a várakozásokkal ellentétben az UEFA kupában az elődöntőben búcsúzott a favoritnak tartott Bayern: a Zenit Szentpétervár kiütéses eredménnyel (1-1; 0-4) verte ki a bajorokat, majd a döntőben a Rangerst is megverte. A szezon végén Ottmar Hitzfeld és Oliver Kahn is végleg visszavonult, az új edző a VB-n bronzérmet nyerő Jürgen Klinsmann lett.

 

2008-2011 - Klinsmann és Louis van Gaal

 

A 2008-as EB-n a tragikus hős Philipp Lahm lett: az elődöntőben győztes gólt szerző szélső hátvéd a döntőben hatalmasat hibázott, amit Fernando Torres gólra tudott váltani; több gól nem is esett a döntőn. A 2008-09-es szezont nagy reményekkel várta a müncheni alakulat, de nem igazán vált be az új edző: a Bayern egy pillanatig sem vezette a bajnokságot, a kupából és a BL-ből is búcsúztak. A szezon vége előtt 5 meccsel menesztették Klinsmannt, és úgymond "tűzoltónak" szerződtették Jupp Heynckest. A szezon végén másodikak lettek a Magath-féle VFL Wolfsburg ellen. A szezon végén az Ajak és az AZ Alkmaar sikeredzője, Louis van Gaal lett a menedzser. A szezon elég döcögősen indult, a gyenge kezdés mellett a sérüléssel bajlódó Ribéry is távozni akart, mivel nem érezte elég erősnek a keretet; válaszul a klub leigazolta Arjen Robbent, aki a szezon későbbi részeiben nagyon jó választásnak bizonyult. Az ősz a sok sérülés miatt elég gyengére sikerült van Gaal állása is veszélybe került. Az őszi idény kulcsmérkőzése a Juventus-Bayern München meccs volt, ami a BL-továbbjutást érő 2. helyért ment (a Girondins Bordeaux ekkor már csoportelső volt). De Torinóban, bár már a 2. percben hátrányban voltak, végül sima 4-1-es győzelmet arattak. A nyolcaddöntőben a Fiorentina ellen lépett pályára a csapat, és Münchenben 2:1-re megverte ellenfelét. A visszavágón "csak" idegenben lőtt több góllal ment tovább a bajor csapat, hiszen 3:2-re kikaptak. A következő ellenfél az előzetesen erősebbnek gondolt Manchester United volt. Az odavágón Münchenben Wayne Rooney már a második percben betalált, de aztán a United bekkelt, és a Bayern a meccs végén fordított: előbb Ribéry talált be szabadrúgásból a 77.percben, majd a védők szerencsétlenkedését kihasználva Ivica Olić az utolsó pillanatban fordított. A visszavágó első félórája után azonban nemigen akadt müncheni rajongó, aki továbbjutást jósolt volna, az MU 3-0-ra vezetett. Azonban Olic szépített. A második félidőben Fortuna a Bayern mellé állt: Rafael a 47. percben megkapta 2. sárga lapját, és kiállították. A félidő 2. harmadában pedig Robben továbbjutást érő találatot szerzett. Az elődöntőben nem volt ellenfél nekik az Olympique Lyon: kettős győzelemmel jutottak a BL-döntőbe, ahol az Internazionale Diego Milito duplájával legyőzte őket.

 

Balszerencséjükre Ribéry a Lyon elleni kiállítása után 3 meccses eltiltást kapott, így a döntőben nem játszhatott. A Bayern nem a legerősebb csaptával állhatott ki az olasz csapat ellen. A bajnokságban ősszel még megelőzte őket a Jupp Heynkes vezette Bayer 04 Leverkusen, de tavasszal már bajnokok voltak a Magath-féle Schalke előtt. A DFB-Pokal döntőjében 6-1-re verték a bajnoki harmadik Werder Brement. A szezonban több új felfedezett is volt: a bal(vagy közép)hátvéd Holger Badstuber vagy a jobb oldali támadó Thomas Müller (a 2010-es VB aranycipőse és a Nationalelf kulcsembere; egy meccsen hiányzott, és csak azon kaptak ki a németek). De a siker leginkább Arjen Robbennek köszönhető, aki több meccsen is továbbjutást érő gólt szerzett. A 2010-11-es szezonban ősszel a csapat gyengén teljesített. A Bayern címvédése tavaszra szinte kilátástalanná vált, de a Bajnokok Ligájától is búcsúznia kellett a németeknek a címvédő Internazionale ellen. A müncheniek a Dortmund elleni hazai 1-3 után már csak a kupában maradtak versenyben, de ott is kiestek a Schalke elleni hazai 1-0-ás vereséggel, hosszabbítás után. Ezek után Louis van Gaal-t menesztették.

 

2011-től – Jupp Heynckes

 

Utódja a szezon végéig Andreas Jonker másodedző lett, akivel a Bayern magára talált, de már csak a pótselejtezőt érő 3. helyet sikerült kiharcolni. Viszont Mario Gomez gólkirály lett. Nyáron visszatért a korábban többször is itt dolgozó Jupp Heynkes. A Bayern a 2011–2012-es szezonban a BL csoport megnyerése után a döntőig menetelt. A döntőt Münchenben rendezték, ott azonban a Chelsea tizenegyesekkel győzött. A 2012–2013-as szezon előkészületi szakaszában jelentősen erősítettek. Érkezett: Mario Mandzukic az EB gólkirálya, Claudio Pizarro a Werder Bremen csatára, Javi Martínez az Athletic Bilbao középpályása, és Dante Bonfim Costa Santos a Borussia Mönchengladbach védője. A bajnokságot nagyon korán, már a 28. forduló után megnyerték. A BL-ben ismét a döntőig jutottak, és ezúttal meg is nyerték azt a Borussia Dortmund ellen. Ezt követően a német kupát is megnyerték.

 

2013-tól – Josep Guardiola

 

2013 júliusától átveszi a csapat irányítását Josep Guardiola aki azelőtt a spanyol FC Barcelona vezetőedzője volt.