A csapat alapítását 1900 februárjában a berlini Franz John kezdeményezte. A müncheni Männerturnverein (MTV) tornaklub futballistái be szerettek volna lépni a Délnémet Labdarúgó-szövetség kötelékébe, ám ehhez az egylet többi tagja nem járult hozzá. "Felháborító ez a kicsinyeskedés! Nem akarunk tovább a tornászok árnyékában élni! Ahhoz, hogy igazán nagy klub lehessünk, önállóságra van szükségünk!" - szólt Franz. Az alapító okiratot 18 labdarúgó írta alá 1900. február 27-én. Az akkoriban még kék és fehér színekbe öltöző futballisták hamarosan a város legerősebb csapatává nőtték ki magukat. Első hivatalos mérkőzésükön 7:1-re legyőzték az MTV újraéledő csapatát - egyébként az első világháború végéig éppen az "anyaegyesület" maradt a Bayern legerősebb városi riválisa. A kezdet kezdetén a gárda még a Clemenstrasse pályáján játszott, csak a Münchener Sport Clubbal való egyesülése után költözött át a lényegesen előkelőbb, a Leopoldstrassén lévő sporttelepre. 1907-től az addig többnyire kék nadrágot viselő futballisták sötétvörösbe bújtak, ez utóbbiról kapta becenevét is a csapat: Roten vagy Rothosen, azaz vörösök, illetve vörös nadrágosok. Az első évtized végére alaposan megerősödött legénység 1910-ben és 1911-ben már szép sikereket ért el: kétszer is megnyerte a bajor bajnokságot. Bár a Bayern akkoriban nem tartozott még Németország legerősebb csapatai közé, már fel tudott vonultatni nemzetközi mércével is kitűnő játékosokat. Max "Gaberl" Gablonsky lett a klub történetének első válogatott játékosa (1910. május 16.). A jobbszélső 1922-ig körülbelül 500 mérkőzésen szerepelt a csapatban. Érdekesség: bár labdarúgóként nem jutott el az 1912-es stockholmi olimpiára, mégis részt vehetett a játékokon, miután tagja lett a 4x100 méteres síkfutóváltónak. El lehet képzelni, milyen futógyorsasággal rendelkezhetett...

 

A Bayernt schwabingeni klubként jegyezték akkoriban, az első világháborút megelőzően nem is akadt olyan tagja, akinek ne lett volna legalább középiskolai diplomája. A bohémek, a művészek, de legalább annyira a diákok, az értelmiségiek fészkének számító városrész jelentette milliő különös melléknevet adott a Bayernnek: Kavaliersklubnak, azaz a gavallérok, ha úgy tetszik az úriemberek egyesületének tekintették, szemben például a mai élcsapatok közül a Borussia Dortmund vagy a FC Schalke 04 munkásosztályba eredeztetett gyökereivel.

 

A Bayern 1920-ban és 1923-ban is megnyerte a délbajor bajnokságot. Ekkorra már okkal nevezte magát az egyesület München első számú klubjának, hiszen 700 tagja egyetlen más egyesületnek sem volt. 1925 végén sikerült megállapodni a városi rivális TSV 1860 München vezetőivel, hogy a Bayern bérlője lehessen a Grünwalder Strassén lévő pályának. Egészen az Olimpiai stadion 1972-es felavatásáig az maradt a Bayern "otthona" - azaz a klub közel ötven éven át tulajdonképpen vendég volt még a hazai mérkőzésein is.

 

A Bayern-futballisták hamarosan Dél-Németország legkiválóbb futballgárdájává nőtték ki magukat. 1926. április 11-én rekordközönség, 26.000 néző előtt a Bayern München 4:3-ra legyőzte a Fürth gárdáját, s története során először, megszerezte a délnémet bajnoki címet. Bármilyen hihetetlennek is tűnik, a statisztikák szerint az egész idényt figyelembe véve Josef Pöttinger nem kevesebb, mint 176 gólt szerzett a bajorok színeiben. Az 1928-as, amszterdami olimpiára utazó német válogatott keretben öt Bayern-labdarúgó is helyet kapott: Conrad Heinkamp, Ludwig Hofmann, Emil Kutterer, Ernst Nagelschmitz és természetesen Josef Pöttinger. 1932–ben a magyar származású, termete alapján "Little"-nek, azaz "Kicsinek" becézett Dombi Richárd keze alatt nyerte meg a gárda az országos bajnoki címet, mégpedig az egész ország futballközvéleményét elkápráztatva, a nürnbergi döntőben 2:0-ra verve az Eintracht Frankfurtot.

 

A nemzetiszocialisták harmincas évekbeli megerősödése a Bayern Münchent is beárnyékolta. A bajor csapatot ugyanis akkoriban sokan és sokszor csúfolták "zsidó klubnak" elnökének és néhány vezetőségi tagjának származása miatt. A hitleri politika következtében kényszerült lemondani posztjáról Kurt Landauer, az egyesület történetének addigi legnagyobb formátumú elnöke. A Harmadik Birodalom idején a Bayern megbélyegzetté vált.

 

A negyvenes évek a személyes tragédiák (zsidó származású játékosok politikai indíttatású elzavarása, II. világháború, harc közben elesett játékosok) mellett csekély sportsikert hoztak a csapat életében. A Bayern kétszer, 1944-ben és 1945-ben is megnyerte a délbajor Gauligát (Südbayerische Gaumeisterschaft). Mindazonáltal a Gauliga évei többnyire csalódásokat hoztak a Bayern híveinek. A csapat 1933 és 1942 között a 16-os körzetnek nevezett Bajorországban egyszer sem tudott a harmadik helynél előrébb végezni. 1943-ban, miután a 16-os körzetet déli és északi részre bontották, a délbajor körzetben szereplő csapat magára talált. 1932 után először játszhatott az össznémet bajnoki címért, ám az álmokat hamar összetörte a VfR Mannheim elleni vereség. A Bayern Hitler uralmának 12 éve alatt a német bajnokság összesített táblázatán mindössze a 81. helyet foglalta el! A háborút követő években folytatódott a vesszőfutás. Az 1949-50-es években például 70 gólt kapott a csapat! A mélypont azonban még csak ezt követően jött. 1945 és 1955 között kilenc edző váltotta egymást, hogy aztán a Bayern München az Oberliga Südből az 1954-55-ös idény végén, története során először, kiessen a másodosztályba.

 

1955-1965 - Rögös út a Bundesligába

 

A Bayern mindössze egy évet töltött a purgatóriumban. Ezt követően azonban elmaradtak a sikerek: 1957-ben a tizedik, egy évvel később pedig a hetedik helyen végeztek az Oberliga Süd tabelláján. A Bayern a legnagyobb jóindulattal is csak középcsapatnak volt akkoriban nevezhető a Szövetségi Köztársaságban. Óriási meglepetést okozott hát kupamenetelése 1957-ben! A DFB-kupa 1935-ös indulása óta még csak tizenhat közé sem jutó csapat ugyanis megnyerte a Német Kupát, annak ellenére, hogy a közvélekedés a Fortuna Düsseldorfot tartotta az összecsapás esélyesének (1-0).

 

Bár az 1958-as világbajnokságon szerepelt válogatottban nem volt Bayern-játékos, az azt követő években a bajor csapat újra a legjobbakkal vetélkedett, s általában az élmezőnyben végzett. A gárda az 1962-63-as idényben mutatta meg magát először a nemzetközi porondon: a Vásárvárosok Kupájában (VVK) egészen a negyeddöntőig jutott, ahol az akkoriban jugoszlávnak számító Dinamo Zagreb már túl nagy falatnak bizonyult (1-4 Münchenben, 0-0 Zágrábban).

 

A nemzetközi kupaszereplés idején már tudott volt, hogy a következős idénytől a német futball új korszakába lép. A DFB közgyűlése ugyanis 1962. július 28-án úgy döntött, alapvetően változtatja meg az ország labdarúgásának rendszerét, s a területi bajnokságokat követő rájátszásos, kuparendszerű bajnoki szisztéma helyett áttér az Európa szinte minden vezető futballhatalmánál is alkalmazott ligarendszerű bajnokságra. A döntés nem volt egyszerű. A hatvanas évek elejére azonban már mindenki belátta: a német futballnak szüksége van a Bundesligára. Az "elitnek" azonban nem volt szüksége a Bayern Münchenre...

 

A déli csoportnak jutó helyeket az Eintracht Frankfurt, az 1. FC Nürnberg s a TSV 1860 München kapta meg. A Bayern vezérkara dühös volt a kirekesztés miatt, úgy gondolták, hogy igazságtalanul sorolták hátra az egyesületet. Sokan gondolták úgy, hogy elsősorban a városi rivális 1860 München okolható azért, hogy a klub nem kapott lehetőséget a Bundesliga-szereplésre. Ám nem volt mit tenni, a csapat számára maradt a második vonal, az amatőrliga, a Regionalliga Süd. Wilhelm Neudecker elnök válasz gyanánt 1963 nyarán igazi sztáredzőt szerződtetett a csapat élére a horvát Zlatko "Csik" Csajkovszki személyében.

 

Csajkovszki csapata az első évében rögvest osztályozót játszhatott a Bundesligába kerülésért, ám elbukott. Az ezt követő 1964-65-ös idény két momentum miatt nevezhető kulcsfontosságúnak a Bayern München történetében: először is mert a gárda kivívta a jogot, hogy a következő szezonban már a legjobbak között indulhasson; másodszor pedig azért, mert ebben az idényben játszott először együtt a Sepp Maier-Franz Beckenbauer-Gerd Müller-tengely.